sgrna设计原理
文章阐述了关于sgrna设计网站，以及sgrna设计原理的信息，欢迎批评指正。
简述信息一览：
sgrna是什么?
1、sgrna是single guide RNA（单导向RNA）的缩写。在CRISPR/Cas9系统中sgRNA与gRNA是一个概念。
2、你好知友！shRNA是short hairpin RNA 的缩写。翻译为“短发夹RNA”。shRNA包括两个短反向重复序列，中间由一茎环（loop）序列分隔的，组成发夹结构，由pol Ⅲ启动子控制。随后在连上5-6个T作为RNA聚合酶Ⅲ的转录终止子。
3、关于什么是SG，什么是sgRNA这个很多人还不知道，今天来为大家解答以上的问题，现在让我们一起来看看吧！shRNA是short hairpin RNA 的缩写。翻译为“短发夹RNA”。shRNA包括两个短反向重复序列，中间由一茎环（loop）序列分隔的，组成发夹结构，几个基因有一段核苷酸序列重叠在一起。
4、Cas9的特点是能够自主结合和切割目的基因，通过点突变的方式使Cas9的两个结构域RuvC-和HNH-失去活性，形成的dCas9只能在sgRNA的介导下结合靶基因，而不具备剪切DNA的功能。
sgrna是双链吗
1、Cas9的另一个变体dCas9，则通过sgRNA（single-guide RNA）介导，丧失了切割功能，却能实现靶向结合基因，调控基因表达，这种非永久性的调控手段在基因研究中尤为重要。Cas12a（Cpf1），作为CRISPR-Cas12a的一员，以其独特的双链断裂切割机制，既应用于基因编辑，又在序列特异性免疫检测中展现威力。
2、第二阶段：CRIPSR基因座的表达（包括转录和转录后的成熟加工）CRISPR序列在前导区的调控下转录产生pre-crRNA（crRNA的前体），同时与pre-crRNA序列互补的tracrRNA（反式激活crRNA）也被转录出来。pre-crRNA通过碱基互补配对与tracrRNA形成双链RNA并与Cas9编码的蛋白组装成一个复合体。
3、CRISPR-Cas9技术包含两种重要的组分，一种是行使DNA双链切割功能的Cas9蛋白，而另一种则是具有导向功能的gRNA。CRISPR-Cas9的技术原理包括gRNA引导的Cas9靶向DNA切割和DNA修复两个基本过程。首先，Cas9蛋白特异性切割目标DNA序列，产生DNA双链断裂。Cas9蛋白含有两个核酸酶结构域，可以分别切割DNA两条单链。
利用chopchop设计出的sgrna还需要检测其结构吗
1、需要。虽然chopchop可以帮助用户搜寻候选的sgRNA，并显示在全基因组范围内潜在的脱靶位点，但是为了确保sgRNA的有效性和安全性，仍需要进行结构检测，结构检测可以确保sgRNA的稳定性和活性，同时避免潜在的脱靶效应。
2、CHOPCHOP网页版是一款用于设计细菌的sgRNA的工具。在使用CHOPCHOP设计sgRNA时，首先需要确定目标位点。目标位点可以是基因名称，也可以是基因序列。在确定了目标位点之后，用户可以点击“Find Target Sites”按钮，CHOPCHOP将自动搜索该位点的潜在切割位点。
3、选取上图中序列作为sgRNA的靶序列，在sgRNA设计网站输入靶基因信息和设计相关信息。常用的sgRNA设计网站包括CRISPOR、GPP Web Portal、E-CRISP、CHOPCHOP等。此处选择CRISPOR进行sgRNA设计，输入靶序列，选定基因对应的物种信息和Cas9和PAM种类后点击提交，得到sgRNA序列和相关信息。
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